Sistem pendidikan terpadu dengan pengawasan dan pengasuhan 24 jam.
Sistem kepondokan dan kurikulum kepesantrenan ala Pondok Modern yang menekankan kemandirian dan kekuatan kepemimpinan (leadership). Namun, praktik nilai dan muatan spiritualitas lebih ditekankan. Hingga nurani santri akan menguat untuk terbiasa dekat dengan ibadah dan kajian Kalam Ilahi.
Muatan tahfidz (hapalan) al-Qur`an ditopang upaya meningkatkan pemahanan al-Qur`an beserta tafsirnya.
Aktivitas formal pendidikan ala klasikal digelar pagi hingga siang hari. Para santri digembleng dalam lingkungan kesantrian yang kondusif serta kondisional. Santri diwajibkan mengikuti beragam ekstrakulikuler organisasi santri, muhadharah (lahiran pidato), percakapan dwi bahasa (Arab-Inggris), pramuka, muhadatsah (dialog bahasa asing), olahraga, hingga ibadah yaumiyyah.
KURIKULUM TERPADU
Integrasi kurikulum formal sekolah umum (SMP dan SMK) dengan Kulliyatul Mu’allimin Al-Islamiyah (KMI) Gontor ditujukan untuk menghilangkan dikotomi pendidikan umum dan pondok pesantren.
Ditujukan untuk melahirkan anak didik yang mutaffaquh fid-din (ahli agama), ‘alim (berpengetahuan luas), shalih secara agama dan sosial, moderat dalam berpikir, mandiri dan kokoh menjalani kehidupan, serta mampu menjadi pengabdi dan pemimpin masyarakat.