Berbekal amanah dan keinginan besar untuk turut berjuang menegakkan Kalimah Allah SWT melalui jalur pendidikan dan kaderisasi, para penggagas dan pendiri Pondok Pesantren Ibadurrahman Cileungsi berangan menjadikan lembaga ini sebagai muara lahirnya kaum cendekia dan ulama yang bukan hanya mahir dalam bidang pengembangan dakwah Islam secara konvensional melalui dakwah bil hal dan tabligh, tapi juga mampu mendidik kader mumpuni dalam dakwah segala bidang mengikuti arus modernitas, baik dalam pemikiran (intelektual) maupun keahlian fisik (live skill).
Pemilihan model kelembagaan dan pendidikan ala Pondok Pesantren bukan tanpa alasan. Stigma yang sudah larut dalam animo masyarakat bahwa pendidikan ala Pondok Pesantren cenderung tradisional dan berjalan apa adanya menjadi tugas dan beban utama para pengelola Pondok Pesantren Ibadurrahman Cileungsi untuk menepisnya. Salah satu upaya yang dilakukan dengan menyajikan sistem dan teknik pembelajaran yang memadukan sistem maupun kurikulum pesantren umumnya yang kuat muatan keilmuan Islam dengan sistem dan kurikulum nasional formal.
Penggagas dan pendiri Pondok Pesantren Ibadurrahman Cileungsi ingin turut membuktikan bahwa dunia pesantren memiliki visi dan kemampuan besar melahirkan kader yang ‘arif (tahu kemudian bijak) dan ‘alim (mahir) baik dalam ilmu keislaman maupun keduniawian. Perimbangan Imtak (Iman dan Takwa) dengan Iptek (Ilmu Pengetahuan) menjadi keharusan untuk dimiliki oleh para santri/anak didik dan menjadi keahlian hidup (life skill) diri mereka agar sukses mengabdi dalam masyarakat dengan penuh percaya diri.
Sistem kepondokan dan kurikulum kepesantrenan Pondok Pesantren Ibadurrahman Cileungsi mengadopsi model pendidikan Pondok Modern Gontor yang menekankan pada kemandirian dan kekuatan kepemimpinan (leadership). Model ini dipilih karena sejalan waktu dan sejarah, Pondok Modern Gontor terbukti mampu melahirkan banyak kader dan alumni yang kokoh secara kepribadian untuk mandiri berpacu di tengah masyarakat.
Maka, sistem pengajaran dan materi-materi kepondokan diadopsi dari model Pondok Modern Gontor dengan merekrut tenaga pengajar dan pengasuh yang memiliki skill dan kearifan yang mewakili visi Gontor. Tenaga pengajar dengan visi ini tidak harus berasal dari Pondok Modern Gontor secara khusus, tapi juga dapat direkrut dari berbagai lembaga Pondok Pesantren Alumni Gontor yang memiliki kelebihan khusus dalam pembinaan kader dan tenaga pendidikan yang konsisten menerapkan pengajaran dan pendidikan ala Gontor.
Namun, nilai dan muatan spiritualitas lebih ditekankan untuk dikembangkan dan dipraktikkan dalam lingkungan Pondok Pesantren Ibadurrahman Cileungsi. Pola pengasuhan kepondokan bukan hanya berorientasi pada pembinaan santri untuk mahir wacana, bicara dan menulis bahasa asing (Arab-Inggris), tapi juga memiliki domain kuat secara spiritual. Hingga secara teknis, Pondok Pesantren Ibadurrahman Cileungsi menguatkan nurani santri untuk terbiasa dekat dengan ibadah dan kajian Kalam Ilahi. Muatan tahfidz (hapalan) al-Qur`an pun dipilih menjadi core (arus utama) Pondok Pesantren ini. Ditopang pula dengan upaya meningkatkan pemahanan dan keahlihan para santri tentang muatan al-Qur`an beserta tafsirnya.